بهترین راهکار برای از بین بردن زگیل تناسلی، درمان زگیل تناسلی با لیزر است. این روش با تاباندن مستقیم پرتو‌های فروسرخ بر روی زگیل انجام می‌شود و معمولا سرعت پاسخ گرفتن از این روش بسیار بالاست. این روش درمانی معمولا برای زگیل‌های بزرگتر و پیشرفته‌تر انجام می‌شوند، اما به علت سهولت و سرعت بهبود آن بیشتر از سایر روش‌ها مورد استقبال بیماران قرار گرفته‌اند.