داستان فیلم سونیک خارپشت ۳ : در دنیایی که سرعت حرف اول را می‌زند، سونیک به همراه دوستان وفادارش، ناکلز و تیلز، با چالشی بی‌سابقه مواجه می‌شود. ظهور شدو، خارپشتی با گذشته‌ای تاریک و قدرت‌هایی بی‌همتا، تهدیدی جدی برای جهان به شمار می‌رود. سونیک و تیمش باید با اتحاد و شجاعت، در برابر این دشمن جدید ایستادگی کرده و تعادل را به دنیا بازگردانند.