برخی از این خطرات به اختلال تخمک گذاری و عدم وقوع پریود به صورت منظم ارتباط دارد. وقتی تخمک‌گذاری اتفاق نمی‌افتد، چرخه معمول هورمون قطع و باعث می‌شود که دیواره رحم در معرض سطح ثابت استروژن قرار گیرد، به این ترتیب، لایه آندومتر بیش از حد ضخیم شده و باعث خونریزی‌های غیرطبیعی در خانم می‌شود. همچنین ممکن است منجر به سرطان آندومتر یا مقدمه شروع تغییرات پیش سرطانی شود. به علاوه، عدم تخمک گذاری منظم، می‌تواند ناباروری هم ایجاد کند. ضمن آنکه، سندرم متابولیک در زنان مبتلا به PCOS شایعتر است. علائم سندرم متابولیک شامل چاقی شکمی، کلسترول بالا، فشار خون بالا و مقاومت به انسولین یا دیابت است. هر یک از این علائم، خطر بیماری قلبی را افزایش می‌دهد. نکته مهم آن است که چاقی در زنان مبتلا به PCOS شایع است.