در صورت تصویب نهایی طرح‌حذف غربالگری جنین، یکی از موارد اختلاف در دو طیف موافقان و مخالفان آن، تشکیل شورای جدید سقط جنین در پزشکی قانونی با حضور سه پزشک متخصص و سه فقیه است. موافقان این طرح، مصرند موضوعاتی از جمله تعیین حرج مادر و بعد شرعی تشخیص موارد سقط، به عهده‌ی فقیه بوده و تشخیص پزشک تنهایی کفایت نمی‌کند.